阴蒂肥大通常与遗传基因有关，由胚胎发育期在遗传基因控制下生殖结节发育异常所致；后天获得性阴蒂肥大则常与内分泌紊乱有关，即雄性激素相对增高。
阴蒂肥大在确诊前必须与男性假两性畸型和女性假两性畸形相鉴别。男性假两性畸形患者的特征为：有睾丸组织，性染色体为XY，性染色质为阴性；阴茎女性化，似肥大的阴蒂；大阴唇皮肤有皱褶，如阴囊；阴道深浅不一、有盲端；无女性内生殖器官。女性假两性畸型的特征为：有卵巢组织，性染色体为XX，性染色质为阳性；阴道狭小，有男性体征，如阴蒂肥大、肌肉发达、有喉结、皮肤粗糙、男性面容、上唇有胡须、无月经等。一旦患者的性别确诊为属女性或男性性腺和性器官发育不良而且长期以女性生活者，可按女性治疗。对肥大的阴蒂宜行部分阴蒂切除术。
手术前准备
手术不应在月经期或妊娠期进行。手术前3天每晚清洗外阴，手术前日剃除阴蒂周围阴毛，并服用甲硝唑（灭滴灵）片。
手术方法和操作技术
阴蒂切除术
于局部麻醉下将阴蒂牵引，切开阴蒂包皮并分离阴蒂海绵体，从阴蒂根部切断，创面直接缝合。
由于该手术方法切除了阴蒂的神经、血管和大部分海绵体，所以手术后阴蒂的性刺激反应敏感度明显降低，影响性快感。虽然手术简单，但可给患者造成终身痛苦。
阴蒂阴唇成形术
患者取截石位，行局部麻醉，于阴蒂背侧皮肤做“工”字形切口。将皮瓣向两侧剥离，显露阴蒂背神经和血管，分离阴蒂背侧神经血管束，并切除肥大的阴蒂海绵体。楔形切除肥大的阴蒂头部，以缩小阴蒂。缝合阴蒂头的楔形创面，并将阴蒂头缝合固定于阴蒂根部，阴蒂皮肤自身折叠，缝合形成部分小阴唇。
该手术方法不仅可形成正常形态的女性外生殖器，同时还可保留阴蒂头的性敏感度。